Il JRC di Ispra ha eccellenti relazioni con le autorità locali italiane, inclusa la Prefettura di Varese e I sindaci dei paesi limitrofi. Partecipano reciprocamente agli eventi organizzati, e si svolgono incontri regolari sulle varie tematiche che riguardano il Centro e di rilevanza per le aree limitrofe e non. In particolare ci preme sottolineare la tavola Rotonda EMAS, una iniziativa del JRC considerata una best-practice di comunicazione aperta e trasparente con le controparti sulle tematiche ambientali, per le quali il JRC è certificato con i maggiori standard. A questa tavola rotonda, con cadenza annuale, contribuiscono autorità locali e nazionali. Ai regolari Open Days del JRC vengono invitati sul sito giornalisti, autorità e scuole locali, per informarle sulle attività svolte al JRC. Un altro esempio della proficua collaborazione del JRC con le autorità, nonché del suo contributo alla comunità locale, è rappresentato dalla recente costruzione ad opera e sul suolo del JRC, della nuova caserma dei Vigili del Fuoco di Ispra.