Quale primo ministro israeliano, Ariel Sharon ha avuto relazioni contrastate con la Svizzera. La sua radicale opposizione alla cosiddetta Iniziativa di Ginevra, un accordo globale tra Israele e Palestina elaborato da membri delle rispettive società civili sostenuto dalla Svizzera, non ha impedito che incontrasse tre consiglieri federali.

Alcune settimane dopo il suo arrivo alla testa del governo dello Stato ebraico, nel marzo 2001 Sharon ricevette il consigliere federale Joseph Deiss, allora capo del Dipartimento federale degli affari esteri (DFAE).

L'incontro fu turbato da una controversia: il primo ministro israeliano chiese il trasferimento dell'Ufficio di collegamento svizzero presso i palestinesi da Gerusalemme Est ai Territori palestinesi, ritenendo che la sua presenza nella Città santa fosse "contraria gli accordi di Oslo". L'ufficio fu effettivamente trasferito alcuni mesi più tardi, nel luglio 2001.

Nel 2003, prima della presentazione dell'Iniziativa di Ginevra, Sharon la criticò aspramente. "Israele deve impedire l'adozione" di questo piano di pace, che giudicò "pericoloso".

I suoi appelli rimasero vani. Il primo dicembre 2003, gli allora ex ministri israeliano Yossi Beilin e palestinese Yasser Abed Rabbo firmarono il piano, negoziato con il sostegno logistico e finanziario della Confederazione. Sharon nella primavera 2004 parlò dell'Iniziativa come di una "catastrofe".

Le relazioni bilaterali di quegli anni tra Berna e Tel Aviv furono rese difficili anche dalle virulenti critiche espresse dalla Svizzera contro la costruzione del muro di separazione israeliano in Cisgiordania e dalla riduzione della cooperazione militare con Israele (nel frattempo ripristinata).

Nel giugno 2004, il governo israeliano adottò il piano di ritiro dalla Striscia di Gaza, che entrò in vigore un anno dopo. In questo caso la Svizzera manifestò il proprio sostegno all'iniziativa. Nel 2005, in occasione di una visita a Gerusalemme, l'allora consigliere federale Pascal Couchepin si congratulò con le autorità israeliane. "Ci sentiamo vicini (a Israele), malgrado tutte le critiche che possono essere legittimamente espresse", affermò Couchepin, aggiungendo che "fondamentalmente, Israele è l'unico Paese democratico in Medio Oriente".

Il vallesano non incontrò però Sharon. Dopo Deiss nel 2001, il premier nel 2005 ricevette i due consiglieri federali Micheline Calmy-Rey e Samuel Schmid. Sharon non ha mai effettuato una visita nella Confederazione.